Wow, no tenía idea que decía eso. Años escuchando la canción pero la verdad nunca entendí lo que decía en esa parte, ahora que veo tu pregunta fui a las lyrics en internet y claro, dice que "Estoy cambiandome el pie por la cara mia".
Sinceramente nunca en vida había escuchado esa expresión y mientras aparezca otra persona aquí en el foro que te pueda contar si en su país sí se usa me gustaría aventurarme a adivinar que puede haber sido una composición de palabras que Shakira creó para reforzar la idea que su vida está totalmente trastornada o pies arriba por este amor que le ha movido el suelo, los esquemas, entonces para que a uno se le "cambie el pie por la cara" -si es que eso pudiera pasar, tendría que haber un terremoto, no sé, algo que te haga caer y quedar así de contorneado :)
Espero sirva mi interpretación.